BIOINFORMATICA

Biologia BIOINFORMATICA

0522100021
DIPARTIMENTO DI CHIMICA E BIOLOGIA "ADOLFO ZAMBELLI"
CORSO DI LAUREA MAGISTRALE
BIOLOGIA
2021/2022

OBBLIGATORIO
ANNO CORSO 2
ANNO ORDINAMENTO 2016
PRIMO SEMESTRE
CFUOREATTIVITÀ
648LEZIONE
Obiettivi
CONOSCENZA E CAPACITA’ DI COMPRENSIONE
L'INSEGNAMENTO HA IL FINE DI ANALIZZARE CON STRUMENTI BIOINFORMATICI LE SEQUENZE E LE STRUTTURE NUCLEOTIDICHE E PROTEICHE; INTERROGARE EFFICACEMENTE LE BANCHE DATI BIOLOGICHE; UTILIZZARE METODI BIOINFORMATICI PER LA LOCALIZZAZIONE DI GENI IN GENOMI, PER L'ALLINEAMENTO LOCALE E GLOBALE, A COPPIE O MULTIPLO DI SEQUENZE FONDAMENTALMENTE PROTEICHE, PER RILEVARE LA STRUTTURA E DARE UN'INTERPRETAZIONE AGLI ALBERI FILOGENETICI; UTILIZZARE METODI DI STATISTICA E DI APPRENDIMENTO AUTOMATICO PER L'ANALISI DI DATI FUNZIONALI DI GENOMICA E PROTEOMICA; CAPIRE LE BASI METODOLOGICHE DELLA BIOLOGIA DEI SISTEMI
Prerequisiti
SONO OPPORTUNE CONOSCENZE ELEMENTARI DI MATEMATICA, STATISTICA E INFORMATICA.
Contenuti
1. GESTIONE, ANALISI E VISUALIZZAZIONE DI DATI MULTIMEDIALI. LE BANCHE DATI DI INTERESSE BIOLOGICO. RICERCA DI GENI IN BANCHE DATI; ANNOTAZIONE DI GENOMI PROCARIOTICI ED EUCARIOTICI. LE ONTOLOGIE. 4H
2. ALCUNI CENNI DI MATEMATICA E STATISTICA PER LA BIOLOGIA. 6H
3. ALLINEAMENTO DI SEQUENZE; MATRICI DI PUNTEGGIO E DOT-PLOT; ALLINEAMENTI MULTIPLI. 5H
4. L’EVOLUZIONE DELLE PROTEINE; RICERCA IN BANCA DATI PER SIMILARITÀ; SIGNIFICATIVITÀ DELL’ALLINEAMENTO; RICONOSCIMENTO DI OMOLOGIA. 3H
5. ALGORITMI DI ALLINEAMENTO: PROGRAMMAZIONE DINAMICA, FASTA, BLAST E HMM. 8H
6. LA STRUTTURA E L’INTERPRETAZIONE DI ALBERI FILOGENETICI; EVOLUZIONE MOLECOLARE E SUE CONSEGUENZE; RICOSTRUZIONE DELL’ALBERO FILOGENETICO.6H
7. ANALISI DELL’ESPRESSIONE DEI GENI: I DATI DI ESPRESSIONE GENICA E ALCUNE TECNICHE DI ANALISI 4H
8. ALGORITMI DI CLUSTERING E METODI STATISTICI: LA PREPARAZIONE DEI DATI DI ESPRESSIONE DEI GENI; ALCUNE TECNICHE DI ANALISI BASATE SUL CLUSTERING; ANALISI STATISTICHE PER QUANTIFICARE LA SIGNIFICATIVITÀ DELLE ESPRESSIONI DIFFERENZIALI; CLASSIFICAZIONE DEI CAMPIONI CON DATI DI ESPRESSIONE. 8H
9. UN’INTRODUZIONE ALLA BIOLOGIA DEI SISTEMI. 4H
Metodi Didattici
LEZIONI FRONTALI, ESERCITAZIONI IN AULA ED ESPERIENZE DI LABORATORIO
Verifica dell'apprendimento
PROVA ORALE PER I BIOLOGI DOPO LA FINE DEL CORSO. LA PROVA VERTE IN 2 DOMANDE, LA PRIMA COMPOSTA DA UN ESERCIZIO, LA SECONDA DI TIPO TEORICO. UN PROGETTO PER VERIFICARE LA CAPACITA' DI APPLICARE I MODELLI AI DATI BIOINFORMATICI, PER GLI INFORMATICI.
Testi
MARKETA ZVELEBIL, JEREMY O. BAUM: UNDERSTANDING BIOINFORMATICS, GARLAND SCIENCE 2008

HELMER CITTERICH - FERRE' - PAVESI - ROMUALDI - PESOLE
FONDAMENTI DI BIOINFORMATICA ZANICHELLI 2018

APPUNTI E SLIDE DEL CORSO

DI APPROFONDIMENTO:

ANNA TRAMONTANO: BIOINFORMATICA, ZANICHELLI 2002
Altre Informazioni
E' RICHIESTA LA FREQUENZA REGOLARE AL CORSO SECONDO I CRITERI DEFINITI DALL’AREA DIDATTICA.
  BETA VERSION Fonte dati ESSE3 [Ultima Sincronizzazione: 2022-11-21]